事業(yè)單位是指由政府機構(gòu)、企事業(yè)單位或者其他組織，依法按照規(guī)定設(shè)立的公益性、非營利性單位。因其特殊的性質(zhì)和經(jīng)營管理方式，需要進行內(nèi)部審計來保障其財務(wù)運作的合法、規(guī)范、透明。

事業(yè)單位內(nèi)部審計的主要內(nèi)容包括以下幾個方面：

一、財務(wù)管理審計

財務(wù)管理審計是指對事業(yè)單位各項財務(wù)活動的合理性、規(guī)范性、透明性、有效性進行審計。具體表現(xiàn)在以下幾個方面：1.會計核算制度是否完整、真實和準確；2.預(yù)算管理和資金使用是否符合規(guī)定；3.各種財務(wù)收支活動是否符合法律法規(guī)及其規(guī)章制度。

二、業(yè)務(wù)管理審計

業(yè)務(wù)管理審計是指對事業(yè)單位通行的管理體制、管理制度及其執(zhí)行情況、所屬項目的開展與執(zhí)行情況等方面進行審計。主要包括評價業(yè)務(wù)辦理程序是否規(guī)范、客觀；業(yè)務(wù)協(xié)調(diào)是否有效等。

三、內(nèi)部控制審計

內(nèi)部控制審計是指對事業(yè)單位各項活動中存在的風險進行識別和評估,并采取相應(yīng)的措施加以控制、預(yù)防和改進的審計。主要包括內(nèi)部控制制度是否完整、可行，內(nèi)部控制環(huán)境是否健康等方面。

四、運營管理審計

運營管理審計是指對事業(yè)單位的運作情況進行審計檢查，以評估管資產(chǎn)的效益、勞動力效率、財務(wù)狀況、管理水平以及與同行業(yè)比較等方面。主要內(nèi)容包括運營管理流程是否優(yōu)化，人員使用效率如何等方面。

五、信息化建設(shè)審計

信息化建設(shè)審計是針對事業(yè)單位信息化建設(shè)規(guī)劃、實施、維護等過程中是否合理、科學(xué)有效地開展的審計。主要包括信息技術(shù)系統(tǒng)的安全性、質(zhì)量、效果等方面的控制、監(jiān)測和管理情況。

綜上所述，事業(yè)單位內(nèi)部審計的主要內(nèi)容是非常廣泛和復(fù)雜的，需要專業(yè)的內(nèi)部審計人員和審計機構(gòu)共同協(xié)作，在確保審計結(jié)果準確和可靠的前提下，為有序的經(jīng)營管理提供保障。