在公司“一套人馬，兩塊牌子”的情況下，如果其中一個公司是法人實體，那么另一個公司的員工可能會認為他們是在為兩個不同的公司工作。在這種情況下，公司應該明確說明員工的工作關系和職責范圍，以避免混淆。

　　此外，在確定用工主體的過程中，還需要考慮以下因素：

　　1.勞動合同的簽訂：如果員工與兩個公司都簽署了勞動合同，則需要確認哪個合同更具有約束力；

　　2.用工管理制度：公司應制定統(tǒng)一的用工管理制度，包括工資、福利待遇等內容，以確保所有員工在同一平臺上接受相同的管理和服務；

　　3.公司名稱和標識的使用：公司應該統(tǒng)一使用同一品牌名稱和標識，避免員工對公司身份產生混淆；

　　4.財務管理：公司應該建立清晰的財務制度和賬目記錄，以便于監(jiān)管和控制資金的流動和使用情況。

　　綜上所述，公司在進行用工主體認定時，需要綜合考慮上述因素，并采取相應的措施來確保員工的權益得到保護和管理的一致性。